Ylhäälläkin oli elämää, muttei siinä merkityksessä kuin ihminen sen yleensä ymmärtää.
Vuosi 2033. Ydinsodan jälkeisessä maailmassa ihmiskunnan rippeet elävät Moskovan synkeissä metrotunneleissa. He taistelevat olemassaolostaan pimeydessä kehittyviä uhkia vastaan, ja kilpailevat metroasemat käyvät kamppailua linjojen hallinnasta.
Maanpäällinen sivilisaatio on menneisyyttä, muistoissa elävä myyttien ja legendojen rakennusaine. Radioaktiivinen säteily on kiihdyttänyt evoluutiota ja synnyttänyt uusia organismeja. Uuden maailman ravintoketjussa ihminen ei ole enää luomakunnan kruunu, vaan selviytymisvaistoonsa tukeutuva tunnelirotta.
Hajaannuksessa elävää pakolaisten maanalaista valtakuntaa uhkaa tuho. Nuori Artjom ymmärtää kauhukseen, että ihmiskunnan kohtalo on tullut hänen kannettavakseen.